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source(here::here("R/common/db_client.R"))
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save_or_return <- function(results, write_to_db = FALSE) {
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if (isTRUE(write_to_db)) {
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df <- as.data.frame(results, optional = TRUE)
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status <- insert_results(df)
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return(status)
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}
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results
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}
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#' TODO voir ce qu'on retourne -> surement tableau de résultats, stockage en base géré dans une autre fonction
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#' Met à jour les données éCow pour un cheptel
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#' @param cheptel character. Code du cheptel avec le FR
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#' @return A définir
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maj_ecow_by_cheptel <- function(cheptel) {
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list_chep <-list(cheptel)
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maj_ecow_for_list_cheptels(list_chep)
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|
}
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#' Met à jour les données éCow pour tous les cheptels suivis par un technicien
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#' @param tech character. Identifiant à 5 lettres du technicien
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maj_ecow_by_tech <- function(tech) {
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# On récupère tous les cheptels d'un technicien
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cheps_tech <- get_cheptels_by_tech(tech)
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# On en extrait la liste des numéros de cheptels suivi par le tech
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list_chep <- as.list(cheps_tech$numeroCheptel)
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maj_ecow_for_list_cheptels(list_chep)
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|
}
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#' Met à jour les données éCow pour tous les cheptels des adhérents actifs
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maj_ecow_for_all <- function() {
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# On récupère tous les adhérents dans Dolibarr
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adh_hbc <- get_all_adherents_active()
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# On en extrait la liste des numéros de cheptels
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list_chep <- as.list(adh_hbc$Numchep)
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maj_ecow_for_list_cheptels(list_chep)
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|
}
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#' Mise à jour de l'indicateur Ecow pour une liste de cheptels et gestion des erreurs
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#' @param list_cheptels list. Liste de numéros de cheptels avec le FR devant
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maj_ecow_for_list_cheptels <- function(list_cheptels){
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total <- length(list_cheptels)
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start_time <- Sys.time()
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message(sprintf("🚀 Début traitement - %s cheptels à traiter", total))
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flush.console()
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res <- lapply(seq_along(list_cheptels), function(i) {
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num_chep <- list_cheptels[[i]]
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withCallingHandlers(
|
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tryCatch(
|
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{
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|
message(sprintf("[%s/%s] Traitement cheptel %s ...", i, total, num_chep))
|
|
flush.console()
|
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out <- calcul_ecow_by_chep(num_chep, 3) # Pour l'instant on s'arrête aux vaches
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|
message(sprintf("✓ OK cheptel %s", num_chep))
|
|
flush.console()
|
|
out
|
|
},
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|
error = function(e) {
|
|
message(sprintf("✗ ERREUR cheptel %s : %s", num_chep, conditionMessage(e)))
|
|
flush.console()
|
|
NULL
|
|
}
|
|
),
|
|
warning = function(w) {
|
|
message(sprintf("! AVERTISSEMENT cheptel %s : %s", num_chep, conditionMessage(w)))
|
|
flush.console()
|
|
invokeRestart("muffleWarning")
|
|
}
|
|
)
|
|
})
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end_time <- Sys.time()
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duration_sec <- round(as.numeric(difftime(end_time, start_time, units = "secs")), 2)
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|
duration_fmt <- format_duration(duration_sec)
|
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message(sprintf("🏁 Fin traitement - %s cheptels traités en %s", total, duration_fmt))
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|
return(res)
|
|
}
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maj_ecow_from_csv <- function() {
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|
cheptels <- read.csv('cheptels_liste.csv', stringsAsFactors = FALSE)
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if (!"login" %in% names(cheptels)) {
|
|
stop("Colonne 'login' absente du CSV")
|
|
}
|
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|
if (nrow(cheptels) == 0) {
|
|
message("Aucun cheptel à traiter")
|
|
return(NULL)
|
|
}
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maj_ecow_for_list_cheptels(as.list(cheptels$login))
|
|
|
|
}
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|
format_duration <- function(seconds) {
|
|
h <- as.integer(seconds %/% 3600)
|
|
m <- as.integer((seconds %% 3600) %/% 60)
|
|
s <- as.integer(seconds %% 60)
|
|
|
|
sprintf("%02d:%02d:%02d", h, m, s)
|
|
}
|
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|
save_data_vaches <- function(vaches){
|
|
tabfinal <- vaches %>%
|
|
select(
|
|
cheptelDetenteur, anim, nom, nom_pere, embryon, donneuse, porteuse, tempsprod, age_years, ecowcarr, rg_carr, ptgV,
|
|
agevel1, ivv1, ivv2Brut, prol, mort, txrepros, nbpp, txvf,
|
|
pn_m, pn_f, p120_m, p120_f, p210_m, p210_f, ptgP, moyecowcamp, rg_camp
|
|
) %>%
|
|
arrange(rg_carr)
|
|
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|
# Renomme les colonnes pour correspondre aux noms des champs dans la table ecow_vaches
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|
colnames(tabfinal) <- c(
|
|
"cheptel", "num_vache", "nom_vache", "pere", "isu", "donneuse", "porteuse", "pourc_vie_productive", "age_annees", "note_ecow_carr", "rang_carr", "pointage_vache",
|
|
"age_1_velage_m", "ivv1_j", "ivv2plus_j", "prolificite_pourc", "mortalite_av_sevr_pourc", "pourc_produits_repros", "nb_petits_produits", "pourc_velages_tranquilles",
|
|
"pn_males_kg", "pn_femelles_kg", "p120_males_kg", "p120_femelles_kg", "p210_males_kg", "p210_femelles_kg", "pointage_produits", "moy_notes_ecow_campagne", "rang_campagne"
|
|
)
|
|
|
|
tab_format <- tabfinal %>%
|
|
mutate(
|
|
across(
|
|
where(is.character),
|
|
~ str_replace_all(.x, ",", ".")
|
|
),
|
|
isu = case_when(
|
|
isu == "O" ~ TRUE,
|
|
isu == "N" ~ FALSE,
|
|
TRUE ~ NA
|
|
),
|
|
rang_carr = as.numeric(rang_carr)
|
|
)
|
|
|
|
con <- get_db_connection()
|
|
|
|
dbWriteTable(
|
|
con,
|
|
Id(schema = "hbc", table = "ecow_vaches"),
|
|
tab_format,
|
|
append = TRUE,
|
|
row.names = FALSE
|
|
)
|
|
dbDisconnect(con)
|
|
}
|
|
|
|
save_data_campagne <- function(synth_camp){
|
|
# Stockage des données écow_camp
|
|
filtered_prod_camp <- synth_camp %>%
|
|
select(
|
|
cheptel, numeroMipg, dateNaiss, rangVelageMipg, ecowcamp, nom_pere, produits
|
|
)
|
|
|
|
colnames(filtered_prod_camp) <- c(
|
|
"cheptel", "mere_ipg", "danais", "ravelamer_corr", "note_ecow", "pere", "produits"
|
|
)
|
|
|
|
con <- get_db_connection()
|
|
|
|
dbWriteTable(
|
|
con,
|
|
Id(schema = "hbc", table = "ecow_campagne"),
|
|
filtered_prod_camp,
|
|
append = TRUE,
|
|
row.names = FALSE
|
|
)
|
|
dbDisconnect(con)
|
|
}
|
|
|
|
save_data_taureau <- function(data_taureaux){
|
|
# Stockage des données écow_taureaux
|
|
filtered_taureaux <- data_taureaux %>%
|
|
select(
|
|
cheptel, pereGenetique, nom, dateNaiss, nomCheptelNaiss, nb_prod_in_chep, utilgen, prol, mort, txrepros, nbpp, txvf, pnm, pnf, p120m, p120f, p210m, p210f,
|
|
dmsev, dssev, afsev, fillestot_nbavecprod, fillestot_pctavecprod, fillestot_isu, fillestot_age_sort, fillestot_agevel1, fillestot_ivv1, fillestot_ivv2p,
|
|
fillestot_vieprod, fillestot_dmad, fillestot_dsad, fillestot_afad, fillestot_nbprod, fillestot_txrepros, fillestot_nbpp, fillestot_prol, fillestot_mort,
|
|
fillestot_txvf, fillesact_nbavecprod, fillesact_pctavecprod, fillesact_isu, fillesact_age_sort, fillesact_agevel1, fillesact_ivv1, fillesact_ivv2p,
|
|
fillesact_vieprod, fillesact_dmad, fillesact_dsad, fillesact_afad, fillesact_nbprod, fillesact_txrepros, fillesact_nbpp, fillesact_prol, fillesact_mort,
|
|
fillesact_txvf, nbfilles_renouv
|
|
)
|
|
|
|
colnames(filtered_taureaux) <- c(
|
|
"cheptel", "anim", "nom", "date_naissance", "nom_chep_naiss", "nb_prod_in_chep", "utilgen", "prol", "mort", "txrepros", "nbpp", "txvf", "pnm", "pnf", "p120m", "p120f", "p210m", "p210f",
|
|
"dmsev", "dssev", "afsev", "nbfilles_avecprod", "pctfilles_avecprod", "isu_fillestot", "age_sort_fillestot", "agevel1_fillestot", "ivv1_fillestot", "ivv2p_fillestot",
|
|
"vieprod_fillestot", "dmad_fillestot", "dsad_fillestot", "afad_fillestot", "nbprod_fillestot", "txrepros_fillestot", "nbpp_fillestot", "prol_fillestot", "mort_fillestot",
|
|
"txvf_fillestot", "nbfillesact_avecprod", "pctfillesact_avecprod", "isu_fillesact", "age_sort_fillesact", "agevel1_fillesact", "ivv1_fillesact", "ivv2p_fillesact",
|
|
"vieprod_fillesact", "dmad_fillesact", "dsad_fillesact", "afad_fillesact", "nbprod_fillesact", "txrepros_fillesact", "nbpp_fillesact", "prol_fillesact", "mort_fillesact",
|
|
"txvf_fillesact", "nbfilles_renouv"
|
|
)
|
|
|
|
con <- get_db_connection()
|
|
|
|
dbWriteTable(
|
|
con,
|
|
Id(schema = "hbc", table = "ecow_taureaux"),
|
|
filtered_taureaux,
|
|
append = TRUE,
|
|
row.names = FALSE
|
|
)
|
|
dbDisconnect(con)
|
|
}
|
|
|
|
save_data_lignees <- function(stats_lignees){
|
|
filtered_lignees <- stats_lignees %>%
|
|
select(
|
|
cheptel, fondatrice, nom, dateNaiss, nomCheptelNaiss, nb_prod_in_chep, utilgen, prol, mort, txrepros, nbpp, txvf, pnm, pnf, p120m,
|
|
p120f, p210m, p210f, dmsev, dssev, afsev, femtot_nbavecprod, femtot_pctavecprod, femtot_isu, femtot_age_sort, femtot_agevel1, femtot_ivv1,
|
|
femtot_ivv2p, femtot_vieprod, femtot_dmad, femtot_dsad, femtot_afad, femtot_nbprod, femtot_txrepros, femtot_nbpp, femtot_prol,
|
|
femtot_mort, femtot_txvf, femact_nbavecprod, femact_pctavecprod, femact_isu, femact_age_sort, femact_agevel1, femact_ivv1,
|
|
femact_ivv2p, femact_vieprod, femact_dmad, femact_dsad, femact_afad, femact_nbprod, femact_txrepros, femact_nbpp, femact_prol,
|
|
femact_mort, femact_txvf, nbfilles_renouv
|
|
)
|
|
|
|
colnames(filtered_lignees) <- c(
|
|
"cheptel", "anim", "nom", "date_naissance", "nom_chep_naiss", "nb_desc_in_chep", "utilgen", "prol", "mort", "txrepros", "nbpp", "txvf", "pnm", "pnf", "p120m",
|
|
"p120f", "p210m", "p210f", "dmsev", "dssev", "afsev", "nbfem_avecprod", "pctfem_avecprod", "isu_femtot", "age_sort_femtot", "agevel1_femtot", "ivv1_femtot",
|
|
"ivv2p_femtot", "vieprod_femtot", "dmad_femtot", "dsad_femtot", "afad_femtot", "nbprod_femtot", "txrepros_femtot", "nbpp_femtot", "prol_femtot",
|
|
"mort_femtot", "txvf_femtot", "nbfemact_avecprod", "pctfemact_avecprod", "isu_femact", "age_sort_femact", "agevel1_femact", "ivv1_femact",
|
|
"ivv2p_femact", "vieprod_femact", "dmad_femact", "dsad_femact", "afad_femact", "nbprod_femact", "txrepros_femact", "nbpp_femact", "prol_femact",
|
|
"mort_femact", "txvf_femact", "nbfem_renouv"
|
|
)
|
|
|
|
|
|
con <- get_db_connection()
|
|
|
|
dbWriteTable(
|
|
con,
|
|
Id(schema = "hbc", table = "ecow_lignees"),
|
|
filtered_lignees,
|
|
append = TRUE,
|
|
row.names = FALSE
|
|
)
|
|
dbDisconnect(con)
|
|
}
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