[eCow] Correctif environnement

R/project/ecow_calculations.R

@@ -49,7 +49,7 @@ calcul_ecow_by_chep <- function(cheptel, step = 3) {
       by = c("pereGenetique" = "anim")
     )
   # Récupère les produits ajout des données manquantes
-  produits_cheptel <- add_data_ecow(cheptel_ecow$produits, cheptel_ecow$nomsparents, czhbc)
+  produits_cheptel <- add_data_ecow(cheptel_ecow$produits, cheptel, cheptel_ecow$nomsparents, czhbc)
   
   
   ###################################################################################################################
@@ -71,9 +71,6 @@ calcul_ecow_by_chep <- function(cheptel, step = 3) {
 
   prod_vaches_corr <- apply_effet_chep(produits_vaches, effets$effets_chep, effets$rapport_MF)
   
-  # On récupère les coefficients de pondération pour les pointages au sevrage 
-  pps <- params_ponderation$pointage$sevrage
-  
   # Ajout à la table vache des informations synthétisées de leur veaux
   synth_brute_vaches <- get_synth_prod_parent(vaches, prod_vaches_corr, params_ponderation)
   
@@ -133,7 +130,7 @@ calcul_ecow_by_chep <- function(cheptel, step = 3) {
     filter(sexe == 2)
   
   # Petits produits issus des filles des taureaux nés dans le cheptel
-  pprod_filles_taureaux <- add_data_ecow(cheptel_ecow$petits_produits, cheptel_ecow$nomsparents, czhbc)
+  pprod_filles_taureaux <- add_data_ecow(cheptel_ecow$petits_produits, cheptel, cheptel_ecow$nomsparents, czhbc)
   
   # Calcul de la synthèse par fille de leur produits
   synth_filles_taureaux <- get_synth_prod_parent(filles_taureaux, pprod_filles_taureaux, params_ponderation)
@@ -189,7 +186,7 @@ calcul_ecow_by_chep <- function(cheptel, step = 3) {
   ###################################################################################################################
   message("Début partie Lignées")
   fondatrices <- cheptel_ecow$fondatrices
-  descendants <- add_data_ecow(cheptel_ecow$descendants, cheptel_ecow$nomsparents, czhbc)
+  descendants <- add_data_ecow(cheptel_ecow$descendants, cheptel, cheptel_ecow$nomsparents, czhbc)
 
   vaches_lignees <- descendants %>% filter(anim %in% descendants$mereGenetique)
   produits_lignees <- descendants %>% filter(mereGenetique %in% vaches_lignees$anim)

R/project/preprocessing.R

@@ -9,11 +9,11 @@ source(here::here('R/common/utils.R'))
 #' Met en forme le tableau des produits des vaches
 #' Ajoutes les colonnes nécessaires au calcul du rang ecow des vaches
 #' @param produits_vaches dataframe. Tab des produits des vaches du cheptel
-add_data_ecow <- function(liste_produits, noms_parents, czhbc){
+add_data_ecow <- function(liste_produits, cheptel, noms_parents, czhbc){
 
   #Ajout d'une colonne avec le nombre de produits IPG (croisement base SIG et SPIE)
-  parents_ipg <- get_parents_ipg()
-  liste_produits <- base::merge(liste_produits, get_parents_ipg(), by.x='anim', by.y='ANIM', all.x=T, all.y=F)
+  parents_ipg <- get_parents_ipg(cheptel)
+  liste_produits <- base::merge(liste_produits, parents_ipg, by.x='anim', by.y='ANIM', all.x=T, all.y=F)
   noms_parents <- as.data.frame(noms_parents)
   liste_produits$nommere <- noms_parents$V2[match(liste_produits$numeroMipg, noms_parents$V1)]
   liste_produits$nompere <- noms_parents$V2[match(liste_produits$pereGenetique, noms_parents$V1)]
@@ -318,6 +318,9 @@ get_note_carriere <- function(v_ref, params_ponderation){
 }
 
 get_note_campagne <- function(prod_vaches_corr, params_ponderation){
+  
+  # On récupère les coefficients de pondération pour les pointages au sevrage 
+  pps <- params_ponderation$pointage$sevrage
 
   # Groupement et synthèse des données des produits par vache / date de naissance / rang de vélage de la mère
   # Ca permet de grouper les jumeaux