[éCow] Correctifs et nettoyage
This commit is contained in:
+32
-11
@@ -37,10 +37,13 @@ get_cheptel_ecow <- function(num_cheptel){
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active_by_chep <- http_get(url = paste0(url_active_by_chep, num_cheptel))
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active_by_chep <- http_get(url = paste0(url_active_by_chep, num_cheptel))
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if(nrow(active_by_chep$vaches) == 0 ) return(active_by_chep)
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if(nrow(active_by_chep$vaches) == 0 ) return(active_by_chep)
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donneuses <- active_by_chep$donneuses
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donneuses <- active_by_chep$donneuses
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nomsparents <- active_by_chep$nomsparents
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active_by_chep$donneuses <- NULL
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active_by_chep$donneuses <- NULL
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active_by_chep$nomsparents <- NULL
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# Nettoyage des données pour les listes reçues
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# Nettoyage des données pour les listes reçues
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active_by_chep <- lapply(active_by_chep, clean_data_anims)
|
active_by_chep <- lapply(active_by_chep, clean_data_anims)
|
||||||
active_by_chep$donneuses <- donneuses
|
active_by_chep$donneuses <- donneuses
|
||||||
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active_by_chep$nomsparents <- nomsparents
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return(active_by_chep)
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return(active_by_chep)
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}
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}
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@@ -85,8 +88,6 @@ get_cztotaux <- function(){
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c(czAV$animal, czS$animal, czE$animalo)
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c(czAV$animal, czS$animal, czE$animalo)
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}
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}
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# Retourne les informations de connection à la base
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# Retourne les informations de connection à la base
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get_db_connection <- function() {
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get_db_connection <- function() {
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do.call(DBI::dbConnect, infos_con)
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do.call(DBI::dbConnect, infos_con)
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@@ -102,7 +103,6 @@ cheptel_has_ponderation <- function(con, num_cheptel) {
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}
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}
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#' Met en forme les données issues de la BDD pour qu'elles soient directement interrogeable
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#' Met en forme les données issues de la BDD pour qu'elles soient directement interrogeable
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#'
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format_ponderation <- function(df) {
|
format_ponderation <- function(df) {
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df %>%
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df %>%
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mutate(sous_categorie = ifelse(is.na(sous_categorie), "NA", sous_categorie)) %>%
|
mutate(sous_categorie = ifelse(is.na(sous_categorie), "NA", sous_categorie)) %>%
|
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@@ -143,17 +143,38 @@ get_params_ponderation <- function(num_cheptel){
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return(format_ponderation(data))
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return(format_ponderation(data))
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}
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}
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#' Récupère le nombre de veaux total par parents à partir d'une extraction excel complétée par les données SPIE
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#' Le nombre renvoyé est le nombre total tous cheptels confondus, sans détail sur les veaux
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#' TODO Pour l'instant on récupère la dernière extraction, à terme il faudra récupérer l'intégration SPIE
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#' ATTENTION problème import fichier à cause des \ User !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
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get_parents_ipg <- function(){
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get_parents_ipg <- function(){
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# Extraction du fichier excel contenant les données de la table bovide du SIG jusqu'au 06/01/2026
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meresIPG <- read_csv(paste(rep_imp, "nb_prod_IPG_byMERE_20260106.csv", sep=''), show_col_types = FALSE)
|
meresIPG <- read_csv(paste(rep_imp, "nb_prod_IPG_byMERE_20260106.csv", sep=''), show_col_types = FALSE)
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colnames(meresIPG) <- c('ANIM','NBPRODIPG')
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colnames(meresIPG) <- c('ANIM','NBPRODSIG')
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# Extraction SPIE pour compléter à partir du 03/01/2026 (choix date pour essayer de limiter les doublons et manquement)
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url_meres_spie <- paste0(server_path, "webresources/spie/nbprodbymeresince2026/")
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meres_spie_brut <- http_get(url = paste0(url_meres_spie, num_cheptel))
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||||||
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meres_spie <- as.data.frame(meres_spie_brut, stringsAsFactors = FALSE)
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colnames(meres_spie) <- c('ANIM','NBPRODSPIE')
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meres_spie$NBPRODSPIE <- as.numeric(meres_spie$NBPRODSPIE)
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groupe_meres <- full_join(meres_spie, meresIPG, by = "ANIM") %>%
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mutate(NBPRODIPG = coalesce(NBPRODSPIE, 0) + coalesce(NBPRODSIG, 0)) %>%
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select(ANIM, NBPRODIPG)
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# Extraction excel pères
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peresIPG <- read_csv(paste(rep_imp, "nb_prod_IPG_byPERE_20260106.csv", sep=''), show_col_types = FALSE)
|
peresIPG <- read_csv(paste(rep_imp, "nb_prod_IPG_byPERE_20260106.csv", sep=''), show_col_types = FALSE)
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colnames(peresIPG) <- c('ANIM','NBPRODIPG')
|
colnames(peresIPG) <- c('ANIM','NBPRODSIG')
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parentsIPG <- rbind(meresIPG, peresIPG)
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# Extraction SPIE pères
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url_peres_spie <- paste0(server_path, "webresources/spie/nbprodbyperesince2026/")
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peres_spie_brut <- http_get(url = paste0(url_peres_spie, num_cheptel))
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peres_spie <- as.data.frame(peres_spie_brut, stringsAsFactors = FALSE)
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|
colnames(peres_spie) <- c('ANIM','NBPRODSPIE')
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peres_spie$NBPRODSPIE <- as.numeric(peres_spie$NBPRODSPIE)
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groupe_peres <- full_join(peres_spie, peresIPG, by = "ANIM") %>%
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||||||
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mutate(NBPRODIPG = coalesce(NBPRODSPIE, 0) + coalesce(NBPRODSIG, 0)) %>%
|
||||||
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select(ANIM, NBPRODIPG)
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parentsIPG <- rbind(groupe_meres, groupe_peres)
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}
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}
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+25
-154
@@ -42,14 +42,14 @@ calcul_ecow_by_chep <- function(cheptel, step = 3) {
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# Récupère les taureaux : tous les pères des vaches actives ou de tous les veaux des vaches actives
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# Récupère les taureaux : tous les pères des vaches actives ou de tous les veaux des vaches actives
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taureaux <- cheptel_ecow$taureaux
|
taureaux <- cheptel_ecow$taureaux
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||||||
# Ajout du nom du père
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# Ajout du nom du père pour affichage classement carrière
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vaches <- vaches %>%
|
vaches <- vaches %>%
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||||||
dplyr::left_join(
|
dplyr::left_join(
|
||||||
taureaux %>% select(anim, nom_pere = nom),
|
taureaux %>% select(anim, nom_pere = nom),
|
||||||
by = c("pereGenetique" = "anim")
|
by = c("pereGenetique" = "anim")
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)
|
)
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||||||
# Récupère les produits ajout des données manquantes
|
# Récupère les produits ajout des données manquantes
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produits_cheptel <- add_data_ecow(cheptel_ecow$produits, czhbc)
|
produits_cheptel <- add_data_ecow(cheptel_ecow$produits, cheptel_ecow$nomsparents, czhbc)
|
||||||
|
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||||||
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###################################################################################################################
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@@ -78,153 +78,23 @@ calcul_ecow_by_chep <- function(cheptel, step = 3) {
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|||||||
synth_brute_vaches <- get_synth_prod_parent(vaches, prod_vaches_corr, params_ponderation)
|
synth_brute_vaches <- get_synth_prod_parent(vaches, prod_vaches_corr, params_ponderation)
|
||||||
|
|
||||||
# Normalisation et calcul des notes carrières
|
# Normalisation et calcul des notes carrières
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||||||
synth_norm <- get_note_carriere(synth_brute_vaches, params_ponderation)
|
synth_vaches <- get_note_carriere(synth_brute_vaches, params_ponderation)
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||||||
synth_vaches <- synth_norm$synthese
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# calcul des stats, valeurs extremes et references pour la normalisation
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stats_chep <- synth_norm$stats_chep
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#################################### Calcul des notes campagnes ########################################
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#################################### Calcul des notes campagnes ########################################
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||||||
####### En réalité on travaille sur les rangs de velages, ce qui correspond dans 99% des cas aux campagnes #######
|
####### En réalité on travaille sur les rangs de velages, ce qui correspond dans 99% des cas aux campagnes #######
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||||||
|
|
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# ==============================
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# Calcul des notes ecowcamp par vache / date de naissance / Rang de vélage
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# 1. Aggrégation campagnes
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synth_campagne <- get_note_campagne(prod_vaches_corr, params_ponderation)
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# ==============================
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# Attribution du numéro de cheptel pour l'enregistrement en base
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synth_prod_vache <- prod_vaches_corr %>%
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synth_campagne$cheptel <- cheptel
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group_by(numeroMipg, dateNaiss, rangVelageMipg) %>%
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||||||
summarise(
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ivv = first(ivv1), # ------------------------------------------------------------------------- TODO vraiment pas sure, à valider
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||||||
pn_c = round(mean(pn_corr, na.rm = TRUE), 1),
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|
||||||
txvf = round(mean(conditionNaiss %in% c('1','2')) * 100, 1),
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||||||
txm = round(mean(sexe == '1') * 100, 1),
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||||||
ptgp = round(mean(pps$devmus * dmSevrage + pps$devsqe * dsSevrage + pps$af * afSevrage, na.rm = TRUE), 1),
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||||||
p120_c = round(mean(pat120Corrige, na.rm = TRUE), 1),
|
|
||||||
p210_c = round(mean(pat210Corrige, na.rm = TRUE), 1),
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||||||
prol = n() * 100, # ------------------------------- TODO a tester parce que je pense qu'il faudrait tous les produits d'une vache
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||||||
mort = round(mean(mortsev == "O" | mortnat == "O") * 100, 1),
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||||||
pere = first(pereGenetique),
|
|
||||||
cheptel = first(cheptelNaiss),
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||||||
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||||||
# noms des veaux pour simplifier affichage
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produits = list(
|
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||||||
pmap(
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||||||
list(nom = nom, anim = anim, sexe = sexe, mortnat = mortnat, mortsev = mortsev, NBPRODIPG = NBPRODIPG, embryon = embryon),
|
|
||||||
\(nom, anim, sexe, mortnat, mortsev, NBPRODIPG, embryon) list(nom = nom, anim = anim, sexe = sexe, mortnat = mortnat, mortsev = mortsev, NBPRODIPG = NBPRODIPG, embryon = embryon)
|
|
||||||
)
|
|
||||||
),
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||||||
.groups = "drop"
|
|
||||||
)
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||||||
|
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||||||
# Récupère le nom du père
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# Moyenne de la note ecowcamp par mère pour celle ayant une note > 10
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||||||
synth_prod_vache <- synth_prod_vache %>%
|
moy_camp <- synth_campagne %>%
|
||||||
dplyr::left_join(
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||||||
taureaux %>% select(anim, nom_pere = nom),
|
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||||||
by = c("pere" = "anim")
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||||||
)
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||||||
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||||||
stats_camp <- get_stats_tbl(
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||||||
tab = synth_prod_vache,
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||||||
nom_tab = "synth_prod_vache",
|
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||||||
cols = c( 'ivv', 'prol', 'mort', 'txvf', 'txm', 'ptgp', 'pn_c', 'p120_c', 'p210_c')
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||||||
)
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||||||
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||||||
stats_chep <- rbind(stats_chep, stats_camp)
|
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||||||
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||||||
pond_camp_fin <- unlist(params_ponderation$campagne$final)
|
|
||||||
pond_camp_ahp <- unlist(params_ponderation$campagne$AHPtech)
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||||||
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||||||
# ==============================
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# 2. Normalisation complète
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# ==============================
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synth_prod_vache_n <- synth_prod_vache %>%
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mutate(
|
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||||||
# pn normalisé
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||||||
pn_n = case_when(
|
|
||||||
is.na(pn_c) ~ NA_real_,
|
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||||||
pn_c >= 40 & pn_c <= 50 ~ 1,
|
|
||||||
pn_c <= 22 | pn_c >= 68 ~ 0,
|
|
||||||
pn_c > 22 & pn_c < 40 ~ round(0.056 * (pn_c - 22), 3),
|
|
||||||
TRUE ~ round(1 - 0.056 * (pn_c - 50), 3)
|
|
||||||
),
|
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||||||
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|
||||||
# 5 normalisations linéaires
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||||||
txvf_n = round(1 - abs(stats_chep$max[stats_chep$var=="synth_prod_vache$txvf"] - txvf) /
|
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||||||
abs(diff(range(stats_chep[stats_chep$var=="synth_prod_vache$txvf",c("min","max")]))), 3),
|
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||||||
|
|
||||||
txm_n = round(1 - abs(stats_chep$max[stats_chep$var=="synth_prod_vache$txm"] - txm) /
|
|
||||||
abs(diff(range(stats_chep[stats_chep$var=="synth_prod_vache$txm",c("min","max")]))), 3),
|
|
||||||
|
|
||||||
ptgp_n = round(1 - abs(stats_chep$max[stats_chep$var=="synth_prod_vache$ptgp"] - ptgp) /
|
|
||||||
abs(diff(range(stats_chep[stats_chep$var=="synth_prod_vache$ptgp",c("min","max")]))), 3),
|
|
||||||
|
|
||||||
p120_n = round(1 - abs(stats_chep$max[stats_chep$var=="synth_prod_vache$p120_c"] - p120_c) /
|
|
||||||
abs(diff(range(stats_chep[stats_chep$var=="synth_prod_vache$p120_c",c("min","max")]))), 3),
|
|
||||||
|
|
||||||
p210_n = round(1 - abs(stats_chep$max[stats_chep$var=="synth_prod_vache$p210_c"] - p210_c) /
|
|
||||||
abs(diff(range(stats_chep[stats_chep$var=="synth_prod_vache$p210_c",c("min","max")]))), 3),
|
|
||||||
|
|
||||||
# prol normalisé
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||||||
prol_n = case_when(
|
|
||||||
is.na(prol) ~ NA_real_,
|
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||||||
prol == 100 ~ 0.8,
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||||||
TRUE ~ 1
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||||||
),
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||||||
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||||||
# mortalité
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||||||
mort_n = round(exp(-0.031 * mort), 3), # TODO sciender en mortsev et mortnat
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||||||
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||||||
# IVV normalisé
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||||||
ivv_n = case_when(
|
|
||||||
is.na(rangVelageMipg) | rangVelageMipg == 1 | is.na(ivv) ~ NA_real_,
|
|
||||||
|
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||||||
# ravelamere == 2
|
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||||||
rangVelageMipg == 2 & ivv > 460 ~ 0,
|
|
||||||
rangVelageMipg == 2 & ivv < 390 ~ 1,
|
|
||||||
rangVelageMipg == 2 ~ round(1 - abs(390 - ivv)/abs(390 - 460), 3),
|
|
||||||
|
|
||||||
# autres ravelamere
|
|
||||||
ivv > 435 ~ 0,
|
|
||||||
ivv < 365 ~ 1,
|
|
||||||
TRUE ~ round(1 - abs(365 - ivv)/abs(365 - 435), 3)
|
|
||||||
)
|
|
||||||
) %>%
|
|
||||||
|
|
||||||
# ==============================
|
|
||||||
# 3. Score final ecowcamp
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||||||
# ==============================
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||||||
rowwise() %>%
|
|
||||||
mutate(
|
|
||||||
perf = list(c_across(c(
|
|
||||||
ivv_n, mort_n, p120_n, p210_n, pn_n,
|
|
||||||
prol_n, ptgp_n, txm_n, txvf_n
|
|
||||||
))),
|
|
||||||
pond = sum(
|
|
||||||
pond_camp_fin[!(is.na(perf) | is.nan(perf))]
|
|
||||||
),
|
|
||||||
somme = sum(
|
|
||||||
perf[!(is.na(perf) | is.nan(perf))] *
|
|
||||||
pond_camp_ahp[!(is.na(perf) | is.nan(perf))]
|
|
||||||
),
|
|
||||||
SOMME_tot = somme / pond * 10,
|
|
||||||
|
|
||||||
ecowcamp = ifelse(
|
|
||||||
is.na(ptgp_n) & is.na(p120_n) & is.na(p210_n), # Si pas de pointage, on réduit la note
|
|
||||||
NA,
|
|
||||||
round(SOMME_tot * 10, 0)
|
|
||||||
),
|
|
||||||
produits = toJSON(produits, auto_unbox = TRUE)
|
|
||||||
) %>%
|
|
||||||
ungroup()
|
|
||||||
|
|
||||||
# remplissage de la table vaches avec les notes campagnes
|
|
||||||
|
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||||||
# 1) Moyenne ecowcamp par mère
|
|
||||||
moy_camp <- synth_prod_vache_n %>%
|
|
||||||
filter(ecowcamp > 10) %>%
|
filter(ecowcamp > 10) %>%
|
||||||
group_by(numeroMipg) %>%
|
group_by(numeroMipg) %>%
|
||||||
summarise(moyecowcamp = round(mean(ecowcamp, na.rm = TRUE), 1), .groups = "drop")
|
summarise(moyecowcamp = round(mean(ecowcamp, na.rm = TRUE), 1), .groups = "drop")
|
||||||
|
|
||||||
# 3) Fusion + transformations
|
# Ajout de la note moyenne de campagne au tableau récapitulatif des vaches
|
||||||
v_camp <-synth_vaches %>%
|
v_camp <-synth_vaches %>%
|
||||||
dplyr::left_join(moy_camp, by = c("anim" = "numeroMipg")) %>%
|
dplyr::left_join(moy_camp, by = c("anim" = "numeroMipg")) %>%
|
||||||
mutate(
|
mutate(
|
||||||
@@ -240,9 +110,9 @@ calcul_ecow_by_chep <- function(cheptel, step = 3) {
|
|||||||
save_data_vaches(v_camp, cheptel)
|
save_data_vaches(v_camp, cheptel)
|
||||||
|
|
||||||
# Enregistrement des données de campagne en base
|
# Enregistrement des données de campagne en base
|
||||||
synth_prod_vache_n <- synth_prod_vache_n %>%
|
synth_campagne <- synth_campagne %>%
|
||||||
mutate(across(where(is.numeric), ~ trunc(.x * 100) / 100))
|
mutate(across(where(is.numeric), ~ trunc(.x * 100) / 100))
|
||||||
save_data_campagne(synth_prod_vache_n, cheptel)
|
save_data_campagne(synth_campagne, cheptel)
|
||||||
|
|
||||||
if (step == 1) {
|
if (step == 1) {
|
||||||
t1 <- Sys.time()
|
t1 <- Sys.time()
|
||||||
@@ -258,19 +128,20 @@ calcul_ecow_by_chep <- function(cheptel, step = 3) {
|
|||||||
produits_taureaux <- produits_cheptel %>%
|
produits_taureaux <- produits_cheptel %>%
|
||||||
filter(pereGenetique %in% taureaux$anim & embryon != 'O')
|
filter(pereGenetique %in% taureaux$anim & embryon != 'O')
|
||||||
|
|
||||||
# Récupères les filles des taureaux
|
# Récupères les filles des taureaux nées dans le cheptel
|
||||||
filles_taureaux <- produits_taureaux %>%
|
filles_taureaux <- produits_taureaux %>%
|
||||||
filter(sexe == 2)
|
filter(sexe == 2)
|
||||||
|
|
||||||
# Petits produits issus des filles des taureaux
|
# Petits produits issus des filles des taureaux nés dans le cheptel
|
||||||
pprod_filles_taureaux <- add_data_ecow(cheptel_ecow$petits_produits, czhbc)
|
pprod_filles_taureaux <- add_data_ecow(cheptel_ecow$petits_produits, cheptel_ecow$nomsparents, czhbc)
|
||||||
|
|
||||||
# Calcul de la synthèse par fille de leur produits
|
# Calcul de la synthèse par fille de leur produits
|
||||||
synth_filles_taureaux <- get_synth_prod_parent(filles_taureaux, pprod_filles_taureaux, params_ponderation)
|
synth_filles_taureaux <- get_synth_prod_parent(filles_taureaux, pprod_filles_taureaux, params_ponderation)
|
||||||
|
|
||||||
# Calcul des stats par pere
|
# Calcul des stats par pere
|
||||||
stats_prod_directe <- get_stats_parent(produits_taureaux, pereGenetique)
|
stats_prod_directe <- get_stats_parent(produits_taureaux, pereGenetique)
|
||||||
|
|
||||||
|
# Calcul des performances des filles pour les taureaux en ayant au moins 3
|
||||||
stats_filles <- get_stats_filles(synth_filles_taureaux, "fillestot_", pereGenetique, actif = FALSE, cheptel)
|
stats_filles <- get_stats_filles(synth_filles_taureaux, "fillestot_", pereGenetique, actif = FALSE, cheptel)
|
||||||
|
|
||||||
stats_filles_act <- get_stats_filles(synth_filles_taureaux, "fillesact_", pereGenetique, actif = TRUE, cheptel)
|
stats_filles_act <- get_stats_filles(synth_filles_taureaux, "fillesact_", pereGenetique, actif = TRUE, cheptel)
|
||||||
@@ -278,12 +149,13 @@ calcul_ecow_by_chep <- function(cheptel, step = 3) {
|
|||||||
grp_filles_et_act <- stats_filles %>%
|
grp_filles_et_act <- stats_filles %>%
|
||||||
dplyr::left_join(stats_filles_act, by = "pereGenetique") %>%
|
dplyr::left_join(stats_filles_act, by = "pereGenetique") %>%
|
||||||
mutate(
|
mutate(
|
||||||
|
pctfilles_avecprod = round(fillestot_nbavecprod / fillestot_count* 100, 1),
|
||||||
pctfillesact_avecprod = round( fillesact_nbavecprod / fillestot_nbavecprod * 100, 1 )
|
pctfillesact_avecprod = round( fillesact_nbavecprod / fillestot_nbavecprod * 100, 1 )
|
||||||
)
|
)
|
||||||
|
|
||||||
stats_filles_renouv <- produits_cheptel %>%
|
stats_filles_renouv <- produits_cheptel %>%
|
||||||
filter(
|
filter(
|
||||||
is.na(NBPRODIPG),# TODO valider avec Lauréna que c'est bien ce champ là qu'on veut
|
is.na(NBPRODIPG), # Pas idéal car pas propre au cheptel, mais en même temps si ce sont des femelles de renouvellement elles ne devraient avoir aucun produit
|
||||||
sexe == "2",
|
sexe == "2",
|
||||||
is.na(dateSortDetenteur)
|
is.na(dateSortDetenteur)
|
||||||
) %>%
|
) %>%
|
||||||
@@ -317,17 +189,16 @@ calcul_ecow_by_chep <- function(cheptel, step = 3) {
|
|||||||
###################################################################################################################
|
###################################################################################################################
|
||||||
message("Début partie Lignées")
|
message("Début partie Lignées")
|
||||||
fondatrices <- cheptel_ecow$fondatrices
|
fondatrices <- cheptel_ecow$fondatrices
|
||||||
descendants <- add_data_ecow(cheptel_ecow$descendants, czhbc)
|
descendants <- add_data_ecow(cheptel_ecow$descendants, cheptel_ecow$nomsparents, czhbc)
|
||||||
|
|
||||||
vaches_lignees <- descendants %>% filter(anim %in% descendants$mereGenetique)
|
vaches_lignees <- descendants %>% filter(anim %in% descendants$mereGenetique)
|
||||||
produits_lignees <- descendants %>% filter(mereGenetique %in% vaches_lignees$anim)
|
produits_lignees <- descendants %>% filter(mereGenetique %in% vaches_lignees$anim)
|
||||||
|
|
||||||
synth_vaches_lignees <- get_synth_prod_parent(vaches_lignees, produits_lignees, params_ponderation)
|
synth_vaches_lignees <- get_synth_prod_parent(vaches_lignees, produits_lignees, params_ponderation)
|
||||||
|
|
||||||
# calcul des stats par fondatrice, ne gardant que celles ayant plus de 5 descendants dans le cheptel_________________
|
# Calcul des stats par fondatrice, ne gardant que celles ayant plus de 5 descendants dans le cheptel
|
||||||
|
# On utilise les descendants globaux afin de ne pas perdre les stats directes des vaches achetées qui n'auraient pas encore de petits_produits
|
||||||
# Si je ne mets pas descendants, je perds les stats directe des vaches achetées car elles n'ont pas encore de petits_produits
|
stats_prod <- get_stats_parent(descendants, fondatrice)
|
||||||
stats_prod <- get_stats_parent(descendants, fondatrice) # produits lignées ou descendants ????
|
|
||||||
|
|
||||||
stats_fem_tot <- get_stats_filles(synth_vaches_lignees, "femtot_", fondatrice, actif = FALSE, cheptel)
|
stats_fem_tot <- get_stats_filles(synth_vaches_lignees, "femtot_", fondatrice, actif = FALSE, cheptel)
|
||||||
|
|
||||||
@@ -335,7 +206,7 @@ calcul_ecow_by_chep <- function(cheptel, step = 3) {
|
|||||||
|
|
||||||
stats_renouv <- descendants %>%
|
stats_renouv <- descendants %>%
|
||||||
filter(
|
filter(
|
||||||
is.na(NBPRODIPG),# TODO valider avec Lauréna que c'est bien ce champ là qu'on veut
|
is.na(NBPRODIPG), # Pas idéal car pas propre au cheptel, mais en même temps si ce sont des femelles de renouvellement elles ne devraient avoir aucun produit
|
||||||
sexe == "2",
|
sexe == "2",
|
||||||
is.na(dateSortDetenteur),
|
is.na(dateSortDetenteur),
|
||||||
cheptelDetenteur == cheptel
|
cheptelDetenteur == cheptel
|
||||||
|
|||||||
@@ -100,7 +100,6 @@ maj_ecow_from_csv <- function() {
|
|||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
format_duration <- function(seconds) {
|
format_duration <- function(seconds) {
|
||||||
h <- as.integer(seconds %/% 3600)
|
h <- as.integer(seconds %/% 3600)
|
||||||
m <- as.integer((seconds %% 3600) %/% 60)
|
m <- as.integer((seconds %% 3600) %/% 60)
|
||||||
@@ -185,11 +184,11 @@ save_data_taureau <- function(taureaux, cheptel){
|
|||||||
filtered_taureaux <- taureaux %>%
|
filtered_taureaux <- taureaux %>%
|
||||||
select(
|
select(
|
||||||
cheptel, pereGenetique, nom, dateNaiss, nomCheptelNaiss, nb_prod_in_chep, utilgen, prol, mort, txrepros, nbpp, txvf, pnm, pnf, p120m, p120f, p210m, p210f,
|
cheptel, pereGenetique, nom, dateNaiss, nomCheptelNaiss, nb_prod_in_chep, utilgen, prol, mort, txrepros, nbpp, txvf, pnm, pnf, p120m, p120f, p210m, p210f,
|
||||||
dmsev, dssev, afsev, fillestot_nbavecprod, fillestot_pctavecprod, fillestot_isu, fillestot_age_sort, fillestot_agevel1, fillestot_ivv1, fillestot_ivv2p,
|
dmsev, dssev, afsev, fillestot_nbavecprod, pctfilles_avecprod, fillestot_isu, fillestot_age_sort, fillestot_agevel1, fillestot_ivv1, fillestot_ivv2p,
|
||||||
fillestot_vieprod, fillestot_dmad, fillestot_dsad, fillestot_afad, fillestot_nbprod, fillestot_txrepros, fillestot_nbpp, fillestot_prol, fillestot_mort,
|
fillestot_vieprod, fillestot_dmad, fillestot_dsad, fillestot_afad, fillestot_nbprod, fillestot_txrepros, fillestot_nbpp, fillestot_prol, fillestot_mort,
|
||||||
fillestot_txvf, fillesact_nbavecprod, pctfillesact_avecprod, fillesact_isu, fillesact_age_sort, fillesact_agevel1, fillesact_ivv1, fillesact_ivv2p,
|
fillestot_txvf, fillesact_nbavecprod, pctfillesact_avecprod, fillesact_isu, fillesact_age_sort, fillesact_agevel1, fillesact_ivv1, fillesact_ivv2p,
|
||||||
fillesact_vieprod, fillesact_dmad, fillesact_dsad, fillesact_afad, fillesact_nbprod, fillesact_txrepros, fillesact_nbpp, fillesact_prol, fillesact_mort,
|
fillesact_vieprod, fillesact_dmad, fillesact_dsad, fillesact_afad, fillesact_nbprod, fillesact_txrepros, fillesact_nbpp, fillesact_prol, fillesact_mort,
|
||||||
fillesact_txvf, nbfilles_renouv
|
fillesact_txvf, nbfilles_renouv, fillestot_produits
|
||||||
)
|
)
|
||||||
|
|
||||||
colnames(filtered_taureaux) <- c(
|
colnames(filtered_taureaux) <- c(
|
||||||
@@ -198,7 +197,7 @@ save_data_taureau <- function(taureaux, cheptel){
|
|||||||
"vieprod_fillestot", "dmad_fillestot", "dsad_fillestot", "afad_fillestot", "nbprod_fillestot", "txrepros_fillestot", "nbpp_fillestot", "prol_fillestot", "mort_fillestot",
|
"vieprod_fillestot", "dmad_fillestot", "dsad_fillestot", "afad_fillestot", "nbprod_fillestot", "txrepros_fillestot", "nbpp_fillestot", "prol_fillestot", "mort_fillestot",
|
||||||
"txvf_fillestot", "nbfillesact_avecprod", "pctfillesact_avecprod", "isu_fillesact", "age_sort_fillesact", "agevel1_fillesact", "ivv1_fillesact", "ivv2p_fillesact",
|
"txvf_fillestot", "nbfillesact_avecprod", "pctfillesact_avecprod", "isu_fillesact", "age_sort_fillesact", "agevel1_fillesact", "ivv1_fillesact", "ivv2p_fillesact",
|
||||||
"vieprod_fillesact", "dmad_fillesact", "dsad_fillesact", "afad_fillesact", "nbprod_fillesact", "txrepros_fillesact", "nbpp_fillesact", "prol_fillesact", "mort_fillesact",
|
"vieprod_fillesact", "dmad_fillesact", "dsad_fillesact", "afad_fillesact", "nbprod_fillesact", "txrepros_fillesact", "nbpp_fillesact", "prol_fillesact", "mort_fillesact",
|
||||||
"txvf_fillesact", "nbfilles_renouv"
|
"txvf_fillesact", "nbfilles_renouv", "produits"
|
||||||
)
|
)
|
||||||
|
|
||||||
nb_lignes_supp <- delete_data_today(cheptel, "TAUREAUX")
|
nb_lignes_supp <- delete_data_today(cheptel, "TAUREAUX")
|
||||||
@@ -224,7 +223,7 @@ save_data_lignees <- function(lignees, cheptel){
|
|||||||
femtot_ivv2p, femtot_vieprod, femtot_dmad, femtot_dsad, femtot_afad, femtot_nbprod, femtot_txrepros, femtot_nbpp, femtot_prol,
|
femtot_ivv2p, femtot_vieprod, femtot_dmad, femtot_dsad, femtot_afad, femtot_nbprod, femtot_txrepros, femtot_nbpp, femtot_prol,
|
||||||
femtot_mort, femtot_txvf, femact_nbavecprod, pctfemact_avecprod, femact_isu, femact_age_sort, femact_agevel1, femact_ivv1,
|
femtot_mort, femtot_txvf, femact_nbavecprod, pctfemact_avecprod, femact_isu, femact_age_sort, femact_agevel1, femact_ivv1,
|
||||||
femact_ivv2p, femact_vieprod, femact_dmad, femact_dsad, femact_afad, femact_nbprod, femact_txrepros, femact_nbpp, femact_prol,
|
femact_ivv2p, femact_vieprod, femact_dmad, femact_dsad, femact_afad, femact_nbprod, femact_txrepros, femact_nbpp, femact_prol,
|
||||||
femact_mort, femact_txvf, nbfilles_renouv
|
femact_mort, femact_txvf, nbfilles_renouv, femtot_produits
|
||||||
)
|
)
|
||||||
|
|
||||||
colnames(filtered_lignees) <- c(
|
colnames(filtered_lignees) <- c(
|
||||||
@@ -233,7 +232,7 @@ save_data_lignees <- function(lignees, cheptel){
|
|||||||
"ivv2p_femtot", "vieprod_femtot", "dmad_femtot", "dsad_femtot", "afad_femtot", "nbprod_femtot", "txrepros_femtot", "nbpp_femtot", "prol_femtot",
|
"ivv2p_femtot", "vieprod_femtot", "dmad_femtot", "dsad_femtot", "afad_femtot", "nbprod_femtot", "txrepros_femtot", "nbpp_femtot", "prol_femtot",
|
||||||
"mort_femtot", "txvf_femtot", "nbfemact_avecprod", "pctfemact_avecprod", "isu_femact", "age_sort_femact", "agevel1_femact", "ivv1_femact",
|
"mort_femtot", "txvf_femtot", "nbfemact_avecprod", "pctfemact_avecprod", "isu_femact", "age_sort_femact", "agevel1_femact", "ivv1_femact",
|
||||||
"ivv2p_femact", "vieprod_femact", "dmad_femact", "dsad_femact", "afad_femact", "nbprod_femact", "txrepros_femact", "nbpp_femact", "prol_femact",
|
"ivv2p_femact", "vieprod_femact", "dmad_femact", "dsad_femact", "afad_femact", "nbprod_femact", "txrepros_femact", "nbpp_femact", "prol_femact",
|
||||||
"mort_femact", "txvf_femact", "nbfem_renouv"
|
"mort_femact", "txvf_femact", "nbfem_renouv", "produits"
|
||||||
)
|
)
|
||||||
|
|
||||||
nb_lignes_supp <- delete_data_today(cheptel, "LIGNEES")
|
nb_lignes_supp <- delete_data_today(cheptel, "LIGNEES")
|
||||||
|
|||||||
+156
-13
@@ -9,12 +9,14 @@ source(here::here('R/common/utils.R'))
|
|||||||
#' Met en forme le tableau des produits des vaches
|
#' Met en forme le tableau des produits des vaches
|
||||||
#' Ajoutes les colonnes nécessaires au calcul du rang ecow des vaches
|
#' Ajoutes les colonnes nécessaires au calcul du rang ecow des vaches
|
||||||
#' @param produits_vaches dataframe. Tab des produits des vaches du cheptel
|
#' @param produits_vaches dataframe. Tab des produits des vaches du cheptel
|
||||||
add_data_ecow <- function(liste_produits, czhbc){
|
add_data_ecow <- function(liste_produits, noms_parents, czhbc){
|
||||||
|
|
||||||
#Ajout d'une colonne avec le nombre de produits IPG ------------------ TODO PEUT ETRE PLUS UTILE, à comparer avec nb_fin_gestation
|
#Ajout d'une colonne avec le nombre de produits IPG (croisement base SIG et SPIE)
|
||||||
# Croisement avec les données SPIE
|
|
||||||
parents_ipg <- get_parents_ipg()
|
parents_ipg <- get_parents_ipg()
|
||||||
liste_produits <- base::merge(liste_produits, get_parents_ipg(), by.x='anim', by.y='ANIM', all.x=T, all.y=F)
|
liste_produits <- base::merge(liste_produits, get_parents_ipg(), by.x='anim', by.y='ANIM', all.x=T, all.y=F)
|
||||||
|
noms_parents <- as.data.frame(noms_parents)
|
||||||
|
liste_produits$nommere <- noms_parents$V2[match(liste_produits$numeroMipg, noms_parents$V1)]
|
||||||
|
liste_produits$nompere <- noms_parents$V2[match(liste_produits$pereGenetique, noms_parents$V1)]
|
||||||
|
|
||||||
# Calcul REPRO
|
# Calcul REPRO
|
||||||
liste_produits <- liste_produits %>%
|
liste_produits <- liste_produits %>%
|
||||||
@@ -22,7 +24,6 @@ add_data_ecow <- function(liste_produits, czhbc){
|
|||||||
repro = case_when(
|
repro = case_when(
|
||||||
anim %in% czhbc$ANIM ~ "O",
|
anim %in% czhbc$ANIM ~ "O",
|
||||||
!is.na(NBPRODIPG) & NBPRODIPG > 0 ~ "O",
|
!is.na(NBPRODIPG) & NBPRODIPG > 0 ~ "O",
|
||||||
nbFinGestation > 0 ~ "O", # TODO pas sure que ce soit la bonne variable
|
|
||||||
TRUE ~ NA_character_
|
TRUE ~ NA_character_
|
||||||
)
|
)
|
||||||
) %>%
|
) %>%
|
||||||
@@ -96,6 +97,7 @@ get_stats_tbl <- function(tab, nom_tab, cols, conditions = NULL, nom_cond = NA)
|
|||||||
})
|
})
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#' Renvoie la synthèse pour chaque vache des performances de ses produits
|
||||||
get_synth_prod_parent <- function(vaches, produits, params_ponderation){
|
get_synth_prod_parent <- function(vaches, produits, params_ponderation){
|
||||||
# On récupère les coefficients de pondération pour les pointages adultes
|
# On récupère les coefficients de pondération pour les pointages adultes
|
||||||
ppa <- params_ponderation$pointage$adulte
|
ppa <- params_ponderation$pointage$adulte
|
||||||
@@ -313,8 +315,128 @@ get_note_carriere <- function(v_ref, params_ponderation){
|
|||||||
mutate(
|
mutate(
|
||||||
rg_carr = as.integer(rank(1 / ecowcarr, na.last="keep"))
|
rg_carr = as.integer(rank(1 / ecowcarr, na.last="keep"))
|
||||||
)
|
)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
get_note_campagne <- function(prod_vaches_corr, params_ponderation){
|
||||||
|
|
||||||
|
# Groupement et synthèse des données des produits par vache / date de naissance / rang de vélage de la mère
|
||||||
|
# Ca permet de grouper les jumeaux
|
||||||
|
synth_prod_vache <- prod_vaches_corr %>%
|
||||||
|
group_by(numeroMipg, dateNaiss, rangVelageMipg) %>%
|
||||||
|
summarise(
|
||||||
|
ivv = first(ivv1), # ------------------------------------------------------------------------- TODO vraiment pas sure, à valider
|
||||||
|
pn_c = round(mean(pn_corr, na.rm = TRUE), 1),
|
||||||
|
txvf = round(mean(conditionNaiss %in% c('1','2')) * 100, 1),
|
||||||
|
txm = round(mean(sexe == '1') * 100, 1),
|
||||||
|
ptgp = round(mean(pps$devmus * dmSevrage + pps$devsqe * dsSevrage + pps$af * afSevrage, na.rm = TRUE), 1),
|
||||||
|
p120_c = round(mean(pat120Corrige, na.rm = TRUE), 1),
|
||||||
|
p210_c = round(mean(pat210Corrige, na.rm = TRUE), 1),
|
||||||
|
prol = n() * 100,
|
||||||
|
mort = round(mean(mortsev == "O" | mortnat == "O") * 100, 1),
|
||||||
|
pere = first(pereGenetique),
|
||||||
|
nom_pere = first(nompere),
|
||||||
|
|
||||||
|
# infos des veaux pour simplifier l'affichage
|
||||||
|
produits = list(
|
||||||
|
pmap(
|
||||||
|
list(
|
||||||
|
nom = nom,
|
||||||
|
anim = anim,
|
||||||
|
sexe = sexe,
|
||||||
|
mortnat = mortnat,
|
||||||
|
mortsev = mortsev,
|
||||||
|
# Nombre de produits tous cheptels confondus
|
||||||
|
NBPRODIPG = NBPRODIPG,
|
||||||
|
embryon = embryon
|
||||||
|
),
|
||||||
|
list
|
||||||
|
)
|
||||||
|
),
|
||||||
|
.groups = "drop"
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
# Calcul des stats campagne pour chaque variable
|
||||||
|
stats_camp <- get_stats_tbl(
|
||||||
|
tab = synth_prod_vache,
|
||||||
|
nom_tab = "synth_prod_vache",
|
||||||
|
cols = c( 'ivv', 'prol', 'mort', 'txvf', 'txm', 'ptgp', 'pn_c', 'p120_c', 'p210_c')
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
list(synthese = v_final, stats_chep = stats_chep)
|
pond_camp_fin <- unlist(params_ponderation$campagne$final)
|
||||||
|
pond_camp_ahp <- unlist(params_ponderation$campagne$AHPtech)
|
||||||
|
|
||||||
|
# Normalisation des valeurs par rapport aux statistiques de campagnes
|
||||||
|
synth_prod_vache_n <- synth_prod_vache %>%
|
||||||
|
mutate(
|
||||||
|
# pn normalisé
|
||||||
|
pn_n = case_when(
|
||||||
|
is.na(pn_c) ~ NA_real_,
|
||||||
|
pn_c >= 40 & pn_c <= 50 ~ 1,
|
||||||
|
pn_c <= 22 | pn_c >= 68 ~ 0,
|
||||||
|
pn_c > 22 & pn_c < 40 ~ round(0.056 * (pn_c - 22), 3),
|
||||||
|
TRUE ~ round(1 - 0.056 * (pn_c - 50), 3)
|
||||||
|
),
|
||||||
|
# 5 normalisations linéaires
|
||||||
|
txvf_n = round(1 - abs(stats_camp$max[stats_camp$var=="synth_prod_vache$txvf"] - txvf) /
|
||||||
|
abs(diff(range(stats_camp[stats_camp$var=="synth_prod_vache$txvf",c("min","max")]))), 3),
|
||||||
|
|
||||||
|
txm_n = round(1 - abs(stats_camp$max[stats_camp$var=="synth_prod_vache$txm"] - txm) /
|
||||||
|
abs(diff(range(stats_camp[stats_camp$var=="synth_prod_vache$txm",c("min","max")]))), 3),
|
||||||
|
|
||||||
|
ptgp_n = round(1 - abs(stats_camp$max[stats_camp$var=="synth_prod_vache$ptgp"] - ptgp) /
|
||||||
|
abs(diff(range(stats_camp[stats_camp$var=="synth_prod_vache$ptgp",c("min","max")]))), 3),
|
||||||
|
|
||||||
|
p120_n = round(1 - abs(stats_camp$max[stats_camp$var=="synth_prod_vache$p120_c"] - p120_c) /
|
||||||
|
abs(diff(range(stats_camp[stats_camp$var=="synth_prod_vache$p120_c",c("min","max")]))), 3),
|
||||||
|
|
||||||
|
p210_n = round(1 - abs(stats_camp$max[stats_camp$var=="synth_prod_vache$p210_c"] - p210_c) /
|
||||||
|
abs(diff(range(stats_camp[stats_camp$var=="synth_prod_vache$p210_c",c("min","max")]))), 3),
|
||||||
|
# prol
|
||||||
|
prol_n = case_when(
|
||||||
|
is.na(prol) ~ NA_real_,
|
||||||
|
prol == 100 ~ 0.8,
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||||||
|
TRUE ~ 1
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||||||
|
),
|
||||||
|
# mortalité
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||||||
|
mort_n = round(exp(-0.031 * mort), 3),
|
||||||
|
# IVV
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||||||
|
ivv_n = case_when(
|
||||||
|
is.na(rangVelageMipg) | rangVelageMipg == 1 | is.na(ivv) ~ NA_real_,
|
||||||
|
# ravelamere == 2
|
||||||
|
rangVelageMipg == 2 & ivv > 460 ~ 0,
|
||||||
|
rangVelageMipg == 2 & ivv < 390 ~ 1,
|
||||||
|
rangVelageMipg == 2 ~ round(1 - abs(390 - ivv)/abs(390 - 460), 3),
|
||||||
|
# autres ravelamere
|
||||||
|
ivv > 435 ~ 0,
|
||||||
|
ivv < 365 ~ 1,
|
||||||
|
TRUE ~ round(1 - abs(365 - ivv)/abs(365 - 435), 3)
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||||||
|
)
|
||||||
|
) %>%
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||||||
|
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||||||
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# Calcul du score final ecowcamp
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rowwise() %>%
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mutate(
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||||||
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perf = list(c_across(c(
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||||||
|
ivv_n, mort_n, p120_n, p210_n, pn_n,
|
||||||
|
prol_n, ptgp_n, txm_n, txvf_n
|
||||||
|
))),
|
||||||
|
pond = sum(
|
||||||
|
pond_camp_fin[!(is.na(perf) | is.nan(perf))]
|
||||||
|
),
|
||||||
|
somme = sum(
|
||||||
|
perf[!(is.na(perf) | is.nan(perf))] *
|
||||||
|
pond_camp_ahp[!(is.na(perf) | is.nan(perf))]
|
||||||
|
),
|
||||||
|
SOMME_tot = somme / pond * 10,
|
||||||
|
|
||||||
|
ecowcamp = ifelse(
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||||||
|
is.na(ptgp_n) & is.na(p120_n) & is.na(p210_n), # Si pas de pointage, on réduit la note
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||||||
|
NA,
|
||||||
|
round(SOMME_tot * 10, 0)
|
||||||
|
),
|
||||||
|
produits = toJSON(produits, auto_unbox = TRUE)
|
||||||
|
) %>%
|
||||||
|
ungroup()
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
get_stats_parent <- function(produits, regroupement){
|
get_stats_parent <- function(produits, regroupement){
|
||||||
@@ -353,10 +475,9 @@ get_stats_parent <- function(produits, regroupement){
|
|||||||
filter(nb_prod_in_chep >= 5)
|
filter(nb_prod_in_chep >= 5)
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
#' Renvoie les statistiques des produits pour les éléments ayant plus de 3 produits
|
#' Renvoie les statistiques des produits pour les éléments ayant plus de 3 produits dans le cheptel
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||||||
#' @param regroupement character. Champs sur lequel on veut faire le regroupement
|
#' @param regroupement character. Champs sur lequel on veut faire le regroupement
|
||||||
#' @param actif booléen. Filtre sur les produits
|
#' @param actif booléen. Filtre sur les produits actifs
|
||||||
#' selon le champs {}
|
|
||||||
#' @return Liste d'adhérents
|
#' @return Liste d'adhérents
|
||||||
get_stats_filles <- function(df, prefix, regroupement, actif = FALSE, cheptel) {
|
get_stats_filles <- function(df, prefix, regroupement, actif = FALSE, cheptel) {
|
||||||
nb <- df %>%
|
nb <- df %>%
|
||||||
@@ -364,7 +485,7 @@ get_stats_filles <- function(df, prefix, regroupement, actif = FALSE, cheptel) {
|
|||||||
summarise(
|
summarise(
|
||||||
"{prefix}count" := n(),
|
"{prefix}count" := n(),
|
||||||
.groups = "drop"
|
.groups = "drop"
|
||||||
)
|
)
|
||||||
|
|
||||||
if (actif) {
|
if (actif) {
|
||||||
df <- df %>%
|
df <- df %>%
|
||||||
@@ -374,10 +495,14 @@ get_stats_filles <- function(df, prefix, regroupement, actif = FALSE, cheptel) {
|
|||||||
)
|
)
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
res <- df %>% group_by({{regroupement}}) %>%
|
res <- df %>%
|
||||||
|
filter(
|
||||||
|
!is.na(n_veaux) # Garde seulement les filles ayant produit dans le cheptel
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||||||
|
) %>%
|
||||||
|
group_by({{regroupement}}) %>%
|
||||||
summarise(
|
summarise(
|
||||||
"{prefix}nbavecprod" := sum(NBPRODIPG > 0, na.rm = TRUE),
|
"{prefix}nbavecprod" := sum( n_veaux > 0, na.rm = TRUE),
|
||||||
"{prefix}pctavecprod" := round(sum(NBPRODIPG > 0, na.rm = TRUE) / n() * 100, 1),
|
"{prefix}pctavecprod" := round(sum(n_veaux > 0, na.rm = TRUE) / n() * 100, 1),
|
||||||
"{prefix}isu" := ifelse(n() >= 3, sum(embryon == "O", na.rm = TRUE), NA),
|
"{prefix}isu" := ifelse(n() >= 3, sum(embryon == "O", na.rm = TRUE), NA),
|
||||||
"{prefix}age_sort" := ifelse(n() >= 3, round(mean(age_years, na.rm = TRUE), 1), NA),
|
"{prefix}age_sort" := ifelse(n() >= 3, round(mean(age_years, na.rm = TRUE), 1), NA),
|
||||||
"{prefix}agevel1" := ifelse(n() >= 3, round(mean(agevel1, na.rm = TRUE), 1), NA),
|
"{prefix}agevel1" := ifelse(n() >= 3, round(mean(agevel1, na.rm = TRUE), 1), NA),
|
||||||
@@ -393,10 +518,28 @@ get_stats_filles <- function(df, prefix, regroupement, actif = FALSE, cheptel) {
|
|||||||
"{prefix}mort" := ifelse(n() >= 3, round(mean(mort, na.rm = TRUE), 1), NA),
|
"{prefix}mort" := ifelse(n() >= 3, round(mean(mort, na.rm = TRUE), 1), NA),
|
||||||
"{prefix}txvf" := ifelse(n() >= 3, round(mean(txvf, na.rm = TRUE), 1), NA),
|
"{prefix}txvf" := ifelse(n() >= 3, round(mean(txvf, na.rm = TRUE), 1), NA),
|
||||||
|
|
||||||
"{prefix}nbprod" := ifelse(n() >= 3, sum(NBPRODIPG, na.rm = TRUE), NA),
|
"{prefix}nbprod" := ifelse(n() >= 3, sum(n_veaux, na.rm = TRUE), NA), # On veut uniquement les produits dans le cheptel
|
||||||
"{prefix}txrepros" := ifelse(n() >= 3, round(mean(txrepros, na.rm = TRUE), 1), NA),
|
"{prefix}txrepros" := ifelse(n() >= 3, round(mean(txrepros, na.rm = TRUE), 1), NA),
|
||||||
"{prefix}nbpp" := ifelse(n() >= 3, sum(nbpp, na.rm = TRUE), NA),
|
"{prefix}nbpp" := ifelse(n() >= 3, sum(nbpp, na.rm = TRUE), NA),
|
||||||
|
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||||||
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# infos des produits pour l'affichage
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produits = list(
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pmap(
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list(
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nom = nom,
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||||||
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anim = anim,
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||||||
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dateNaiss = dateNaiss,
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||||||
|
rangVelageMipg = rangVelageMipg,
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||||||
|
numeroMipg = numeroMipg,
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||||||
|
nommere = nommere,
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||||||
|
pereGenetique = pereGenetique,
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||||||
|
nompere = nompere,
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||||||
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active = is.na(dateSortDetenteur) & cheptelDetenteur == cheptel
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||||||
|
),
|
||||||
|
list
|
||||||
|
)
|
||||||
|
),
|
||||||
|
"{prefix}produits" := toJSON(produits, auto_unbox = TRUE),
|
||||||
.groups = "drop"
|
.groups = "drop"
|
||||||
)
|
)
|
||||||
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||||||
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Reference in New Issue
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